Для попередження накопичення осаду в трубопроводах, зниження витрат крапельниць і емітерів та засмічення виконавчих органів засобів автоматики необхідно здійснювати профілактичні і відновлювальні промивки. Профілактичні промивки здійснюють: після кожного поливу при вмісті зважених речовин у воді більше 50 мг/л, через 3-4 поливи при вмісті завислих частинок менше 50 мг/л. Для змиву осаду, що відклався на дні поливних трубопроводів, їх обладнують спеціальними кінцевими клапанами-заглушками.

Відновлювальні промивки призначають для попередження біообростання і розпушення ущільнених осадів у трубопроводах, крапельних водовипусках. Здійснюють їх на початку поливного періоду і після його закінчення слабким розчином сірчаної (H2SO4) або соляної (HCl) кислоти з рН – 2,5-3,5. При появі фітопланктону у поливній воді застосовують розчин сірчанокислої міді з концентрацією міді 1-3 мг/л. При відновлювальних промивках в процесі поливу розчини кислот і сірчанокислої міді вводять в голову ділянкового трубопроводу за допомогою інжектора, або насоса-дозатора під напором, що перевищує напір води в трубопроводі. Після введення розчинів реагентів в мережу її необхідно промити поливною водою для змивання розпушеного осаду. Тривалість відновлювальних промивок – 0,5-1,0 год.
З метою попередження масового попадання фітопланктону в поливну мережу необхідно здійснювати регулярний біологічний контроль за якістю води в регулюючих басейнах. При вмісті водоростей у воді більше 10 млн. кл/л необхідно здійснювати обробку води розчином сірчанокислої міді. Розрахунок кількості мідного купоросу (CuSO4⋅5H2O), необхідного для обробки водойм, здійснюють за формулою
XCuSO4 ⋅ 5H2 O = 3,929 ⋅C ⋅V               (5.1)
 де C – необхідна концентрація міді у відібраній воді, г/м3; V – заданий об’єм води, що підлягає обробці, м3; 3,929 – константа.
 Обробіток води мідним купоросом здійснюють концентрацією за чистою міддю для: водойм і водостоків комплексного призначення – більше 0,1г/м3; вододжерел технічного призначення – 0,3-0,7 г/м3; регулюючих басейнів – 1-5 г/м3.
Тривалість обробітку не менше 5 годин. Обробіток здійснюють при штилі і температурі води не нижче +17 °С, в період доби з 8 до 12 годин. Підкислення води дає можливість уникнути закупорювання водовипусків солями кальцію. Найефективнішою для цього є азотна кислота, концентрація якої в поливній воді не має перевищувати 0,5%, тобто на один кубічний метр поливної води потрібно 5 літрів чистої кислоти. Тривалість промивання – 30 хвилин. Скільки ж часу необхідно для промивання чистою водою. Частота – 1 раз на місяць і обов’язково наприкінці зрошувального сезону. Хлорування води як засіб уникнення закупорювання крапельниць водоростями й органічними речовинами краще проводити рідкою хлоркою з концентрацією в ній хлору 12,5%. Для отримання необхідної концентрації на один кубометр поливної води витрачається 400 г рідкої хлорки. Частота і тривалість промивання такі ж, як і при підкисленні води. Найкраще підкислення і хлорування води проводити одночасно. Для захисту поливних трубопроводів від ґрунтових шкідників використовують також агротехнічний і хімічний методи боротьби. Агротехнічний метод – це створення несприятливих умов для розвитку та розмноження шкідників, тобто правильна організація сівозміни. На чисельність ґрунтових шкідників суттєво впливають і меліоративні та агрохімічні заходи. Так, наприклад вапнування кислих ґрунтів створює несприятливі умови для розвитку багатьох шкідників. Істотно погіршує умови розвитку личинок оранка на зяб.

Хімічний метод боротьби – це обробіток ґрунту, рослин і накопичення шкідників хімічними препаратами. Вносять їх разом із поливною водою. На практиці найефективнішим є застосування Базудіну дозою 1,2 – 1,8 л/га, БІ-58 дозою 2 л/га. Ефективним є також використання протруєних приманок –зерна пшениці, ячменю тощо.
 Експлуатаційний персонал, який виконує операції з відновлювальних промивок, повинен пройти інструктаж з техніки безпеки при роботах, пов’язаних із застосуванням хімічних реагентів.
Приготування розчинів реагентів потрібної концентрації здійснюють на головному вузлі системи краплинного зрошення (в районі водозабору і насосної станції), а їх введення в мережу здійснюють за допомогою пересувних цистерн з внутрішнім (антикорозійним покриттям) і насосів-дозаторів, змонтованих на шасі автомобіля. Для цих потреб можна використовувати установки для внесення в зрошувальну мережу рідких розчинних добрив, гідропідживлювачі та аналогічні технічні засоби для фертигації.