При експлуатації системи краплинного зрошення необхідно правильно готувати їх до зберігання в зимовий період. При використанні однорічної краплинної трубки, її демонтують і прибирають з поля з подальшою утилізацією. Попередньо необхідно видалити ремонтну фурнітуру, що застосовувалась протягом сезону для поточного ремонту, з метою подальшого використання. Важливим екологічним фактором є зачистка поля від залишків краплинної трубки та інших полімерних відходів. Пластик в ґрунті не розкладається, тому у багатьох випадках поля, де застосовувалось краплинне зрошення, засмічені залишками цієї системи. Для нормальної експлуатації таких ґрунтів в майбутньому, дуже важливо очищати поля від будь-якого пластика.

Якщо використовують багаторічну трубку, то її необхідно промити щоб видалити всі мікро- і макрочастинки, що накопичилися за період експлуатації. Після промивки, краплинну трубку змотують в бухти і відправляють на збереження. При змотуванні необхідно злити із трубки воду. Зберігати трубку необхідно в приміщенні, або в герметичних ємностях, для запобігання проникнення гризунів, що пошкоджують систему. При збереженні в примі щеннях можна застосовувати препарати „Фостоксин” або „Магтоксин” для газації. Застосовують 1-3 таблетки на 1 метр кубічний приміщення. При цьому важливо, щоб приміщення при газації було повністю герметичним, і в ньому не знаходились люди. Для боротьби з гризунами застосовують також препарат „Шторм”, розкладаючи в приміщенні брикети, на відстані 1-2 м один від одного. Найбільш ефективним є збереження полімерних деталей в герметичних металевих ємностях. Для повного знищення всіх шкідників можна застосовувати газацію таких ємностей вихлопними газами. Наступним етапом з підготовки до збереження є демонтаж пластмасових ділянкових трубопроводів. З’єднання на цих трубопроводах з поливною трубкою (штуцери) краще не знімати, так як при цьому можна пошкодити з’єднувальні гнізда. Перед демонтажем необхідно провести промивку чистою водою, для видалення всіх механічних частинок. Після цього гнучкий шланг акуратно змотують, при цьому не допускають перегинів і деформацій. Здійснюють вимірювання довжини кожного рукава, навішування метражу і схеми посадки, на якій він застосовувався. Зберігати гнучкий шланг краще з краплинною трубкою.
Засувки і крани необхідно очистити від бруду промивши водою. Всі частини, що зазнають корозії змащують технічними мастилами. При збереженні необхідно не допускати попадання на них вологи.

Гравійно-піщані фільтри звільняють від гравію вимивши чистою водою. Перед установкою на збереження їх необхідно висушити. Всі засувки на фільтростанції змащують технічними мастилами і герметизують. Фільтруючий гравій необхідно промити в проточній воді на решетах і здійснити знезараження розчином технічних кислот для знищення синьо-зелених водоростей і бактерій. Концентрація робочого розчину складає 0,6 % діючої речовини. Дискові і сітчасті фільтри необхідно ретельно промити в чистій воді. Якщо на них є сольові відкладення, здійснюють промивку в такому ж розчині технічних кислот. Після цього всі частини знову промивають в чистій воді, і висушують. Зберігати їх краще в зібраному вигляді. Дуже важливим моментом є видалення води із всіх елементів краплинного зрошення. При попаданні води можливе розморожування і пошкоджен ня частин зрошення при низьких температурах. Здійснюють спорожнення мережі від води через колодязі. Ці колодязі очищають від сміття і води, щільно закривають чавунними кришками. Вологоміри виймають із ґрунту на зимове збереження.

Контрольно-вимірювальні прилади на зимовий період знімають очищаючи від бруду і здають на збереження в закрите приміщення. Складають при цьому дефектну відомість. Від ретельності підготовки всієї системи краплинного зрошення до правильного збереження в зимовий період залежить довговічність роботи системи в цілому.